O programa visa caracterizar os corpos d’água quanto aos aspectos físicos, químicos, bacteriológicos e hidrobiológicos, identificar tendências e avaliar riscos para a qualidade da água, acompanhar a evolução dos corpos d’água e sugerir ações para o controle e prevenção da poluição. Para tanto foi prevista a realização de campanhas para coleta de amostras de água abrangendo diversos ciclos hidrológicos criando condições para análise do comportamento evolutivo dos parâmetros, nas diversas fases do empreendimento.
As campanhas de monitoramento são realizadas com intervalo trimestral.
Concomitantemente ao programa de Monitoramento Limnológico, continuam a ser executados o Subprograma de Monitoramento e Controle de Espécies Vetoras de Doenças de Veiculação Hídrica, o Subprograma de Monitoramento e Controle de Macrófitas Aquáticas, e o Subprograma de Monitoramento do Mexilhão Dourado (Limnosperna fortunei).